Con l'avvicinarsi dell'anno 3000, un sistema solare devastato dalla guerra viene invaso dall'Alleanza Imperiale alla ricerca di un essere supremo, l'F-01. La navicella spaziale sperimentale X Bomber con il suo giovane equipaggio deve scoprire il segreto dell'F-01 e rivoltarlo contro l'Alleanza Imperiale, altrimenti tutto sarà perduto.